上官铉为官忠于职守，惩治贪佞，整肃吏治，务在革除弊政，减轻农民负担。清顺治八年（1651），上官铉看到高淳县赋税采用本色，民不堪重负，便奏请改为折色，被政府采纳。次年，再次为凤阳县上疏。他认为凤阳县多荒地，对无主荒地应当免赋，而当地连遭水旱之灾，征收赋税应将按亩计征改为按收成计征。上官铉在监察御史任内，屡请革除时弊。他任江宁监察御史时，闻知芜湖钞关多有陋规，上疏即予揭露。

　　顺治十四年（1657），上官铉任湖广道监察御史，次年上疏弹劾举人程度渊，请复试丁酉顺治十四年（1657）科举人，以核真伪。结果该科乡试考官方优、钱开宗因舞弊被依律斩决，同考官叶楚槐等人绞决，方章钺、程度渊等新科举人被发遣，方棫等人因文理不通革去举人功名。同时，疏条陈四事。上官铉看到监察工作常常和地方官工作发生冲突，于是在顺治十五年（1658）上疏，提出严升任、核参罚、注事实、察委署四条建议，多被采纳实行。

　　顺治十八年（1661），上官铉升任顺天府丞，后累迁至左副都御史。康熙十一年（1672），上官铉上疏请裁多余提督、总兵，部议提督、总兵皆为要员难裁，康熙也以条陈不实，隐含讥刺，给他降二级调用。从此上官铉官运不佳，虽然不久又补太常寺少卿，但很快又因冬至大祀供器不整洁而被降三级调用。他郁郁寡欢，请假回籍，10年后病逝于家中。